В г. Высоковске Клинского района никогда не было церкви, ближайший храм – в с. Шипулино. В конце 90-х годов прошлого века возникла потребность создания воскресной школы в центре города. В начала 1999 года администрация г. Высоковска выделила для этой цели здание бывшего склада, которое находилось в аварийном состоянии. Был заключен договор об аренде сначала на 5 лет, а затем на более длительный срок. С помощью спонсора был проведен капитальный ремонт. Прихожане с детьми принимали участие в этом ремонте под руководством священника Димитрия Костина: сбивали старую штукатурку со стен и потолка, убирали мусор.
Затем у о. Димитрия появилась мысль отвести в этом здании место под домовую церковь. Инициативу одобрило священноначалие, и 7 ноября 2000 года было совершено малое освящение храма в честь святого страстотерпца царевича Алексия. В 2006 году был зарегистрирован приход. Настоятелем храма с 2000 года являлся священник Димитрий Костин. В 2011 году настоятелем был назначен священник Иоанн Орехов.
